Urodził się przed 2 lipca 1761 r. w Wysocicach, w byłym powiecie miechowskim. Był synem Franciszka i Marcjanny z Piegłowskich, pochodził ze średnio zamożnej drobnej szlachty herbu Suchekomnaty.

Ojciec jego dzierżawił w latach 1760-1791 klucz sławkowski, w tym opuszczone średniowieczne zagłębie sławkowskie, gdzie również założył manufaktury: płócienną, obrusową, sukienną i kapeluszy. Kownacki ukończył naukę w Akademii Krakowskiej w półroczu zimowym w 1773/74. W roku 1780 przebywał w Paryżu przez co najmniej kilka miesięcy. Nabył wtedy pięćdziesięciosześciotomowe "Ocuvres" Woltera, które w roku 1791 ofiarował Bibliotece Jagiellońskiej.

W latach 1785 - 1790 Hipolit Kownacki prowadził w Sławkowie hutę rudy (ołowianej z domieszką srebra). Kownacki na podstawie doświadczenia z prowadzenia hut wydał w 1791 roku pracę "O starożytności kopalni kruszców, wyrabiania metallów, czyli robót górniczych w kluczu sławkowskim i całej okolicy graniczącej z Śląskiem znajdujących się ..." W opracowaniu tym Kownacki doradza mieszkańcom Sławkowa, aby działalność sławkowian nie była jednokierunkowa czyli poświęcona albo wydobywaniu rud metali albo tylko rolnictwu, lecz by prowadzili oni swe działania równolegle.

Hipolit Kownacki w roku 1792 wydał pracę "Gór związki i własności w powszechności, a gór Sławkowskich i Olkuskich własności i produkta w szczególności". Brak geologicznego wykształcenia Kownackiego w pewnej mierze zrekompensowany był dużym oczytaniem w literaturze przedmiotu, jak również doświadczeniem wyniesionym z prowadzenia hut sławkowskich. Hipolit Kownacki nie odnalazł nowych złóż rudy w Sławkowie, przez pewien czas przerabiał odpady kopalń średniowiecznych, wreszcie doszedł jednak do wniosku, iż działalność ta jest nieopłacalna i zakończył ją.

Przejawiał duże zamiłowanie do historii Polski i po zaprzestaniu działalności gospodarczej rozpoczął pracę naukową. Napisał dzieło o historii Polski od czasów rzymskich. Niestety, przejawiał bezkrytyczny stosunek do źródeł drukowanych i pisanych. W roku 1790 lub 1791 Kownacki dostał się na dwór prymasa Michała Poniatowskiego i związał swe losy z rodziną królewską, potem z rodziną Izabeli Branickiej (będąc plenipotentem księcia Józefa Poniatowskiego), a następnie Aleksandra Potockiego. Po klęsce Napoleona Kownacki przebywał w Dreźnie od początku lipca 1813 r. jako przedstawiciel Potockich do spraw związanych z ekshumacją księcia Józefa Poniatowskiego. Od roku 1814 Kownacki pracował w Bibliotece Wilanowskiej Stanisława Kostki Potockiego, porządkując rękopisy stanowiące zespół znany obecnie pod nazwą Archiwum Publiczne Potockich. Kownacki, z zamiłowania historyk, pobudzony nową pracą dużo publikował, najcenniejsze opracowania ukazały się w "Pamiętniku Warszawskim z lat 1817-1821". Prace te zapewniły Kownackiemu wybór 4 kwietnia 1821 r. na członka przybranego Towarzystwa Warszawskiego Przyjaciół Nauk.

Kownacki był pierwszym tłumaczem fragmentów kronik Galla i Długosza i pierwszym wydawcą tzw. "Kroniki węgiersko - polskiej". Lata pracy w bibliotece silnie związały Kownackiego ze Stanisławem i Aleksandrą (żoną Augusta) Potockimi. Aleksander Potocki po śmierci matki 19 marca 1831 r. odsunął siedemdziesięcioletniego Kownackiego od biblioteki. Dalej mieszkał on w Warszawie, był postacią bardzo znaną. Umarł 28 marca 1854 r. i pochowany został w Wilanowie.

Bardzo trafnie scharakteryzował postać Hipolita Kownackiego Jan Pierzchała: "Hipolit Kownacki był człowiekiem niezwykłej oryginalności. Pracami o geologii wyprzedził Stanisława Staszica. Jeszcze przed Hieronimem Łabędzkim, pierwszym uczonym autorem dziejów górnictwa w Polsce, opisał pod względem historycznym kopalnie kruszconośne w kluczu Sławkowskim".